在唐僖宗与田令孜还没商议好如何对付“流寇”时，王仙芝与黄巢的势力已渐成燎原之势。他们将部众分为十余股，王仙芝与尚君长、柴存、毕师铎、曹师雄、柳彦璋、刘汉宏、李重霸原为八大王，各为一股之首领，黄巢与其兄黄揆、弟弟黄邺、侄儿黄存、外甥林言等亦各为一股首领。到875年的年末时已经转掠河南十五州，远者已深入淮南地区。他们采取流动式作战，攻陷一城后，就将其抢掠一空。然后再转向其他城池进行攻掠。不计一城一地的得失，不留兵士进行守城。

“金眼蛤蟆争努眼 翻却曹州天下反”的歌谣也传入了宫中，唐僖宗听说黄巢的名字后大为惊惧，害怕他就是自己梦中的那个黄衣小孩。急忙与田令孜商议应对之策。唐僖宗问道“流寇形势发展这么快，如此猖獗，阿父可有良策啊？”

田令孜故作不慌不忙的说道“依我看，不如集合诸道节度使对其进行围追堵截，相机进剿。可剿则剿，若实在难以剿灭，可以配合招抚，令节度使们见机行事吧！我觉得他们也就只能猖狂一时，不会动摇我们大唐社稷的。陛下且请放宽心吧。前些时候节度使薛崇为贼所败，这次我们不妨用宋威，宋威平庞勋时立功不小，其人多计谋。可以使他为诸道兵的总帅。”唐僖宗听后果真再不担忧了，向田令孜说道“我就知道阿父自有策划。那这事就全都委托给你了。”于是田令孜使唐僖宗下诏，使平庐节度使宋威为诸道行营招讨使，淮南、忠武、宣武、义成、天平五军节度使都受其节度，相机进剿。

876七月，王仙芝攻沂州，宋威领军与其在城外交战，大败王仙芝，王仙芝本人得以逃命。邀功心切的宋威妄奏王仙芝已死，田令孜领百官向皇帝称贺，皆以为流寇不过如此，便下诏遣散了诸道节度使之兵。但仅仅三日后，就有州县上奏王仙芝尚在，多处州县都受其攻掠之苦。皇帝只得重新召集诸路兵，可这些兵士心中都很不乐意，他们刚准备休息就又受到召唤，皆怨愤思乱。

在八月时，王仙芝又攻陷阳翟、郏城。想到东都洛阳有危险，皇帝便诏昭义节度使曹翔领步骑兵五千及义成兵保卫东都宫殿，左散骑常侍曾元裕为招讨副使，守东都，又诏山南东道节度使李福选步骑兵二千守汝州、邓州要路。王仙芝很快就进逼汝州，李福所派出的裨将及其军队被全歼。九月时王仙芝就攻陷了汝州，活捉刺史王镣，之后直逼东都，洛阳大震，士民开始带家眷财物纷纷逃出城。后来王仙芝又挥兵南下，到了冬季末，王仙芝、黄巢大军接连攻陷郢、复、申、光、庐、寿、舒、通等州。江淮地区危急日甚一日。宰相郑畋紧急上言道：“自沂州奏捷之后，仙芝愈肆猖狂，屠陷五六州，疮痍数千里。宋威衰老多病，自妄奏以来，诸道多所不服，如今停留在毫州，毫无进讨之意。曾元裕拥兵蕲、黄，亦望风退缩不前。若使贼陷扬州，则江南亦非国有。臣深知崔安潜威望过人，张自勉乃骁雄良将，宫苑使李彖乃西平王李晟之孙，严而有勇。请以崔安潜为行营都统，李彖为招讨使代宋威，张自勉为副使代曾元裕。”

郑畋所言不错，宋威确实玩寇不前，他私下与曾元裕谋道："庞勋之灭，康承训功劳最大。但却因众官所嫉，谗言四起，诬其作战不力，最终被革除官职。我们即便剿匪成功，能免于祸吗？不如留贼与其周旋，万一贼首侥幸做了天子，我们也不失为功臣。”因此宋威故意与王仙芝之军保持一舍的距离，顾望不进。皇帝知道后，开始考虑郑畋的建议。

不久后，王仙芝举众大攻蕲州。蕲州刺史裴渥，是王镣做知举时所保举的进士，王镣就为仙芝做说客以说裴渥。于是裴渥与仙芝约定，敛兵不战，并答应为之奏官，使皇帝招抚王仙芝，王仙芝大喜。裴渥开门迎接仙芝及黄巢等人入城，大置酒席，多赠宝货。并向皇帝上表请求招抚王仙芝一众。唐僖宗召集群臣商议招抚事宜。诸宰相多数认为：“当年先帝不赦庞勋，一年多的时间就将其消灭。如今仙芝乃小贼，非庞勋可比，若赦罪并赠其官爵，怕会更加助长奸宄之辈的作乱之心。”田令孜则认为贼势浩荡久久未平，再战下去后果不知如何，招抚是最好的办法。怀着这种苟且图安的心思，皇帝听从其决定。便下旨封王仙芝为左神策军押衙兼监察御史，派出一中使前去蕲州授予仙芝官爵。仙芝得此官爵甚喜，王镣、裴渥都为其称贺。

王仙芝野心并不大，以为自己以一盐贩子做到朝廷如此大官，更有何求？可是黄巢却非容易满足之辈，立志定要灭唐称帝而后快。再说，这次招抚，仅赐王仙芝一人官爵，黄巢等人都没有份。黄巢大怒说道：“当初我们共立大誓，约定同取江山，事成后平分天下。你忘了誓言吗？我黄巢当初真是看错了人，不该救你。如今你想独自入宫做官，要将我们这五千馀人置于何地？”大怒之下挥拳殴击王仙芝，王仙芝受伤出血，部下赶忙上前分开两人。众义军皆不耻王仙芝之自私行为，纷纷大怒，喧噪不已。

王仙芝虽然很是憧憬朝廷官爵，但迫于众怒，他不敢接受诏命。被迫与部众一起大肆掠夺蕲州。城中之人，半数被逐，半数被杀，住宅民房尽被焚毁。裴渥趁乱逃奔鄂州，皇帝的使者逃奔襄州，王镣仍被义军所拘。经此一番分歧，王仙芝与黄巢分道扬镳，三千馀人跟从王仙芝及尚君长，二千馀人跟从黄巢。

不久后，王仙芝攻陷鄂州。黄巢攻陷郓州，杀了节度使薛崇。黄巢心想义军一分为二，战斗力大减，不如先委屈自己与仙芝再次联合，待事成后再将其除掉。于是派人去说王仙芝，希望能够合军共事。王仙芝爽快答应。